La Legión inició el 30 de octubre de 2006 su misión en el sector sureste del Líbano, uno de los dos en que se divide la zona de despliegue de la Fuerza Interina de Naciones Unidas (FINUL), y que hasta el momento había estado bajo el mando de la Fuerza Expedicionaria de la Infantería de Marina (FIMEX-L). La asunción del mando por parte del general Juan Bautista García Sánchez, que dirige una brigada multinacional liderada por España, supone el pase a la segunda fase del despliegue de los cascos azules iniciado tras el alto el fuego exigido por la ONU a través de la resolución 1701, aprobada unánimemente por el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas el 11 de agosto. El 7 de septiembre el Congreso español ratificó la resolución internacional, y un día después España envió al Líbano el primer contingente, formado por soldados de Infantería de Marina y por 76 militares del Ejército de Tierra, pertenecientes al Cuartel General, Transmisiones, la Legión, Apoyo Logístico y una unidad NBQ. Posteriormente se incorporaron otros 171 efectivos del ET, en su mayoría de la Unidad de Apoyo al Despliegue (UAD), compuesta fundamentalmente por personal del Regimiento de Especialidades de Ingenieros (RPI) de Salamanca y el Regimiento de Pontoneros y Especialidades de Ingenieros (RPEI) de Zaragoza.

El 21 de octubre, con la salida de los buques Galicia y Pizarro, comenzó la segunda expedición nacional al Líbano, con la que España aporta a FINUL 1.100 militares. De éstos, 710 pertenecen a la Legión, que lidera y constituye el núcleo principal de la brigada de Naciones Unidas desplegada en el este de la franja libanesa. El grueso del contingente cuenta también con un Escuadrón de Caballería del Regimiento “Lusitania”, unidades de Inteligencia, Transmisiones, Zapadores y Cooperación Cívico-Militar (CIMIC), y una unidad de Apoyo Logístico de la FLT1. Los militares españoles desplegados entre la frontera israelí y el río Litani se concentran en la base española “Miguel de Cervantes”, situada en el término municipal de Blat, en las cercanías del pueblo de Maryayún. En esta base “Cervantes”, que ahora constituye el Cuartel General de la Brigada Multinacional de FINUL, ondea la bandera de España desde el pasado 21 de septiembre.